Los nombres que reciben los compuestos orgánicos pueden ser tanto sistemáticos (siguiendo un conjunto de reglas), como no-sistemáticos.

La nomenclatura sistemática se estipula por especificaciones de la IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry). La nomenclatura sistemática o nomenclatura IUPAC comienza a partir del nombre de la estructura "padre" de la molécula correspondiente. A este nombre "padre" se le añade entonces prefijos, sufijos y números que ayudan a expresar sin ambigüedades el nombre correcto de una molécula específica. Dado que existen millones de moléculas orgánicas con diverso nivel de complejidad, la nomenclatura sistemática se usa sólamente para un número reducido de moléculas sencillas.

La nomenclatura no-sistemática o trivial, es pues, más fácil para el caso de los compuestos orgánicos complejos, entre los que figuran la mayor parte de las sustancias de la naturaleza. Los nombres no-sistemáticos no indican la estructura del compuesto. Muchas moléculas sencillas tienen tanto un nombre sistemático como no-sistemático.

El término substancia pura (o simplemente substancia) se refiere a un material en que todas sus partes tienen exactamente la misma composición y que además tiene un conjunto definido y único de propiedades.

En contraste, las mezclas consisten de dos o más sustancias y que tienen diferente composición cada una. Las propiedades de una mezcla no son únicas, sino que dependen de las substancias que la componen, es decir, si la proporción de las substancias cambia, las propiedades de la mezcla también cambian.

Susbstancias

Hay dos tipos de substancias: elementos y compuestos. Los elementos son substancias que no pueden ser  separadas en substancias más simples por métodos químicos ordinarios. Los elementos no pueden hacerse a partir de la combinación de substancias más simples.

Existen un poco más de 100 elementos, y cada objeto material del universo consiste de uno o más de estos elementos.

Algunos de estos elementos pueden ser muy familares para tí: oxígeno, carbono, hierro, aluminio, cobre, hidrógeno, etc.

Compuestos

Son substancias que consisten en dos o más elementos combinados en proporciones definidas en masa, dando un material que tiene un nuevo conjunto de propiedades definidas diferentes a las de los elementos que los constituyen. Por ejemplo, el agua es un compuesto formado por 88.8% de oxígeno y 11.2% de hidrógeno en masa.

Las propiedades físicas y químicas del agua son definitivamente diferentes a las del oxigeno puro y del hidrógeno puro. El agua, bajo condiciones normales de presión y temperatura, es un líquido, sus componentes (oxígeno e hidrógeno) son gases bajo las mismas condiciones.

Químicamente el agua no se quema, sin embargo el hidrógeno puede explotar en presencia del oxígeno del aire.

Existen millones de compuestos conocidos, y otros miles están siendo descubiertos o sintetizados cada año. A pesar de la enorme variedad de compuestos, los quimicos son capaces de conocer sus propiedades porque los compuestos pueden ser clasificados de acuerdo a su composición y estructura, así cada clase de compuestos tiene cierto número de propiedades en común. 

Por ejemplo, los compuestos orgánicos generalmente se queman en presencia de oxígeno, produciendo dióxido de carbono y agua. Así, un químico puede predecir que cualquier compuesto que contenga carbono e hidrógeno (compuestos orgánicos) arderá en presencia de oxígeno:

compuesto orgánico + oxígeno  dióxido de carbono + agua + algún producto adicional

Mezclas

Existen dos tipos de mezclas -mezclas homogéneas y mezclas heterogéneas. Las mezclas homogéneas son también llamadas soluciones, y a las mezclas heterogéneas a veces se les llama simplemente mezclas. En las mezclas heterogéneas, a veces se es posible distinguir a simple vista las diferencias.

En contraste las mezclas homogéneas parecen similares a lo largo de toda la muestra, aún en ocasiones bajo el microscopio más preciso.